wim/ndbioimage
1
0
Fork 0
Code Issues Pull Requests Actions Packages Projects Releases Wiki Activity

- bump bioformats to 8.3.0

Browse Source 
- rust: command line binary, save as mp4, save as tiff, ome metadata, more methods for View, bugfixes, less unsafe code
- python: ome as dict
This commit is contained in:
Wim Pomp
2025-08-21 19:45:02 +02:00
parent 24af64ac7e
commit 3dc8e6af04
17 changed files with 2317 additions and 1261 deletions
Download Patch File Download Diff File Expand all files Collapse all files

207
src/colors.rs Normal file
View File

@@ -0,0 +1,207 @@
use anyhow::{Error, Result};
use lazy_static::lazy_static;
use std::collections::HashMap;
use std::fmt::Display;
use std::str::FromStr;
lazy_static! {
static ref COLORS: HashMap<String, String> = {
HashMap::from([
("b".to_string(), "#0000FF".to_string()),
("g".to_string(), "#008000".to_string()),
("r".to_string(), "#FF0000".to_string()),
("c".to_string(), "#00BFBF".to_string()),
("m".to_string(), "#BF00BF".to_string()),
("y".to_string(), "#BFBF00".to_string()),
("k".to_string(), "#000000".to_string()),
("w".to_string(), "#FFFFFF".to_string()),
("aliceblue".to_string(), "#F0F8FF".to_string()),
("antiquewhite".to_string(), "#FAEBD7".to_string()),
("aqua".to_string(), "#00FFFF".to_string()),
("aquamarine".to_string(), "#7FFFD4".to_string()),
("azure".to_string(), "#F0FFFF".to_string()),
("beige".to_string(), "#F5F5DC".to_string()),
("bisque".to_string(), "#FFE4C4".to_string()),
("black".to_string(), "#000000".to_string()),
("blanchedalmond".to_string(), "#FFEBCD".to_string()),
("blue".to_string(), "#0000FF".to_string()),
("blueviolet".to_string(), "#8A2BE2".to_string()),
("brown".to_string(), "#A52A2A".to_string()),
("burlywood".to_string(), "#DEB887".to_string()),
("cadetblue".to_string(), "#5F9EA0".to_string()),
("chartreuse".to_string(), "#7FFF00".to_string()),
("chocolate".to_string(), "#D2691E".to_string()),
("coral".to_string(), "#FF7F50".to_string()),
("cornflowerblue".to_string(), "#6495ED".to_string()),
("cornsilk".to_string(), "#FFF8DC".to_string()),
("crimson".to_string(), "#DC143C".to_string()),
("cyan".to_string(), "#00FFFF".to_string()),
("darkblue".to_string(), "#00008B".to_string()),
("darkcyan".to_string(), "#008B8B".to_string()),
("darkgoldenrod".to_string(), "#B8860B".to_string()),
("darkgray".to_string(), "#A9A9A9".to_string()),
("darkgreen".to_string(), "#006400".to_string()),
("darkgrey".to_string(), "#A9A9A9".to_string()),
("darkkhaki".to_string(), "#BDB76B".to_string()),
("darkmagenta".to_string(), "#8B008B".to_string()),
("darkolivegreen".to_string(), "#556B2F".to_string()),
("darkorange".to_string(), "#FF8C00".to_string()),
("darkorchid".to_string(), "#9932CC".to_string()),
("darkred".to_string(), "#8B0000".to_string()),
("darksalmon".to_string(), "#E9967A".to_string()),
("darkseagreen".to_string(), "#8FBC8F".to_string()),
("darkslateblue".to_string(), "#483D8B".to_string()),
("darkslategray".to_string(), "#2F4F4F".to_string()),
("darkslategrey".to_string(), "#2F4F4F".to_string()),
("darkturquoise".to_string(), "#00CED1".to_string()),
("darkviolet".to_string(), "#9400D3".to_string()),
("deeppink".to_string(), "#FF1493".to_string()),
("deepskyblue".to_string(), "#00BFFF".to_string()),
("dimgray".to_string(), "#696969".to_string()),
("dimgrey".to_string(), "#696969".to_string()),
("dodgerblue".to_string(), "#1E90FF".to_string()),
("firebrick".to_string(), "#B22222".to_string()),
("floralwhite".to_string(), "#FFFAF0".to_string()),
("forestgreen".to_string(), "#228B22".to_string()),
("fuchsia".to_string(), "#FF00FF".to_string()),
("gainsboro".to_string(), "#DCDCDC".to_string()),
("ghostwhite".to_string(), "#F8F8FF".to_string()),
("gold".to_string(), "#FFD700".to_string()),
("goldenrod".to_string(), "#DAA520".to_string()),
("gray".to_string(), "#808080".to_string()),
("green".to_string(), "#008000".to_string()),
("greenyellow".to_string(), "#ADFF2F".to_string()),
("grey".to_string(), "#808080".to_string()),
("honeydew".to_string(), "#F0FFF0".to_string()),
("hotpink".to_string(), "#FF69B4".to_string()),
("indianred".to_string(), "#CD5C5C".to_string()),
("indigo".to_string(), "#4B0082".to_string()),
("ivory".to_string(), "#FFFFF0".to_string()),
("khaki".to_string(), "#F0E68C".to_string()),
("lavender".to_string(), "#E6E6FA".to_string()),
("lavenderblush".to_string(), "#FFF0F5".to_string()),
("lawngreen".to_string(), "#7CFC00".to_string()),
("lemonchiffon".to_string(), "#FFFACD".to_string()),
("lightblue".to_string(), "#ADD8E6".to_string()),
("lightcoral".to_string(), "#F08080".to_string()),
("lightcyan".to_string(), "#E0FFFF".to_string()),
("lightgoldenrodyellow".to_string(), "#FAFAD2".to_string()),
("lightgray".to_string(), "#D3D3D3".to_string()),
("lightgreen".to_string(), "#90EE90".to_string()),
("lightgrey".to_string(), "#D3D3D3".to_string()),
("lightpink".to_string(), "#FFB6C1".to_string()),
("lightsalmon".to_string(), "#FFA07A".to_string()),
("lightseagreen".to_string(), "#20B2AA".to_string()),
("lightskyblue".to_string(), "#87CEFA".to_string()),
("lightslategray".to_string(), "#778899".to_string()),
("lightslategrey".to_string(), "#778899".to_string()),
("lightsteelblue".to_string(), "#B0C4DE".to_string()),
("lightyellow".to_string(), "#FFFFE0".to_string()),
("lime".to_string(), "#00FF00".to_string()),
("limegreen".to_string(), "#32CD32".to_string()),
("linen".to_string(), "#FAF0E6".to_string()),
("magenta".to_string(), "#FF00FF".to_string()),
("maroon".to_string(), "#800000".to_string()),
("mediumaquamarine".to_string(), "#66CDAA".to_string()),
("mediumblue".to_string(), "#0000CD".to_string()),
("mediumorchid".to_string(), "#BA55D3".to_string()),
("mediumpurple".to_string(), "#9370DB".to_string()),
("mediumseagreen".to_string(), "#3CB371".to_string()),
("mediumslateblue".to_string(), "#7B68EE".to_string()),
("mediumspringgreen".to_string(), "#00FA9A".to_string()),
("mediumturquoise".to_string(), "#48D1CC".to_string()),
("mediumvioletred".to_string(), "#C71585".to_string()),
("midnightblue".to_string(), "#191970".to_string()),
("mintcream".to_string(), "#F5FFFA".to_string()),
("mistyrose".to_string(), "#FFE4E1".to_string()),
("moccasin".to_string(), "#FFE4B5".to_string()),
("navajowhite".to_string(), "#FFDEAD".to_string()),
("navy".to_string(), "#000080".to_string()),
("oldlace".to_string(), "#FDF5E6".to_string()),
("olive".to_string(), "#808000".to_string()),
("olivedrab".to_string(), "#6B8E23".to_string()),
("orange".to_string(), "#FFA500".to_string()),
("orangered".to_string(), "#FF4500".to_string()),
("orchid".to_string(), "#DA70D6".to_string()),
("palegoldenrod".to_string(), "#EEE8AA".to_string()),
("palegreen".to_string(), "#98FB98".to_string()),
("paleturquoise".to_string(), "#AFEEEE".to_string()),
("palevioletred".to_string(), "#DB7093".to_string()),
("papayawhip".to_string(), "#FFEFD5".to_string()),
("peachpuff".to_string(), "#FFDAB9".to_string()),
("peru".to_string(), "#CD853F".to_string()),
("pink".to_string(), "#FFC0CB".to_string()),
("plum".to_string(), "#DDA0DD".to_string()),
("powderblue".to_string(), "#B0E0E6".to_string()),
("purple".to_string(), "#800080".to_string()),
("rebeccapurple".to_string(), "#663399".to_string()),
("red".to_string(), "#FF0000".to_string()),
("rosybrown".to_string(), "#BC8F8F".to_string()),
("royalblue".to_string(), "#4169E1".to_string()),
("saddlebrown".to_string(), "#8B4513".to_string()),
("salmon".to_string(), "#FA8072".to_string()),
("sandybrown".to_string(), "#F4A460".to_string()),
("seagreen".to_string(), "#2E8B57".to_string()),
("seashell".to_string(), "#FFF5EE".to_string()),
("sienna".to_string(), "#A0522D".to_string()),
("silver".to_string(), "#C0C0C0".to_string()),
("skyblue".to_string(), "#87CEEB".to_string()),
("slateblue".to_string(), "#6A5ACD".to_string()),
("slategray".to_string(), "#708090".to_string()),
("slategrey".to_string(), "#708090".to_string()),
("snow".to_string(), "#FFFAFA".to_string()),
("springgreen".to_string(), "#00FF7F".to_string()),
("steelblue".to_string(), "#4682B4".to_string()),
("tan".to_string(), "#D2B48C".to_string()),
("teal".to_string(), "#008080".to_string()),
("thistle".to_string(), "#D8BFD8".to_string()),
("tomato".to_string(), "#FF6347".to_string()),
("turquoise".to_string(), "#40E0D0".to_string()),
("violet".to_string(), "#EE82EE".to_string()),
("wheat".to_string(), "#F5DEB3".to_string()),
("white".to_string(), "#FFFFFF".to_string()),
("whitesmoke".to_string(), "#F5F5F5".to_string()),
("yellow".to_string(), "#FFFF00".to_string()),
("yellowgreen".to_string(), "#9ACD32".to_string()),
])
};
}
#[derive(Clone, Debug)]
pub struct Color {
r: u8,
g: u8,
b: u8,
}
impl FromStr for Color {
type Err = Error;
fn from_str(s: &str) -> Result<Self> {
let s = if !s.starts_with("#") {
if let Some(s) = COLORS.get(s) {
s
} else {
return Err(Error::msg(format!("invalid color: {}", s)));
}
} else {
s
};
let r = u8::from_str_radix(&s[1..3], 16)?;
let g = u8::from_str_radix(&s[3..5], 16)?;
let b = u8::from_str_radix(&s[5..], 16)?;
Ok(Self { r, g, b })
}
}
impl Display for Color {
fn fmt(&self, f: &mut std::fmt::Formatter<'_>) -> std::fmt::Result {
write!(f, "#{:02X}{:02X}{:02X}", self.r, self.g, self.b)
}
}
impl Color {
pub fn to_rgb(&self) -> Vec<u8> {
vec![self.r, self.g, self.b]
}
}